En la región centroamericana, según el informe del Foro del Clima de América Central, el evento de El Niño se declaró a partir de junio 2009 con una estación lluviosa irregular que afectó en forma particular, aunque no exclusiva, a la Vertiente del Pacífico del Istmo Centroamericano.

Para septiembre y octubre, se registró un régimen de lluvias irregular que no permitió una recarga adecuada de las fuentes de agua y de los suelos; por lo que hubo limitación de este recurso para el consumo humano y animal, para la producción ganadera y las siembras de segunda de 2009, lo que afectó la disponibilidad de alimentos. Esta situación obligó a Guatemala, durante el mes de septiembre a declarar un"estado de calamidad pública".

En el Caribe Centroamericano, sin embargo, se registraron varios frentes fríos en diciembre y enero con lluvias en la costa de Honduras, parte sur de la Región Autónoma del Atlántico Sur (RAAS) de Nicaragua, la zona del Caribe de Costa Rica y las regiones de Bocas del Toro y Veraguas en Panamá.

En El Salvador de enero a septiembre las lluvias fueron deficitarias en la mayor parte del país. Sin embargo, el 7 y 8 de noviembre, intensas lluvias azotaron cinco de los 14 departamentos de El Salvador a raíz de un sistema de baja presión sobre el Pacífico, que se vio incrementado por el paso del Huracán IDA por el Caribe con un saldo de más de 100 muertos y 60 desaparecidos. La Presidencia de El Salvador decretó "emergencia nacional" para atender a las más de 14,000 personas damnificadas.

Según datos del Ministerio de Agricultura y Ganadería de ese país, se estima que 50 mil manzanas de cultivos fueron inundadas, con pérdidas de aproximadamente unos US$ 30 millones. Los cultivos más dañados fueron maíz y frijol. Se reportó también un importante daño a la infraestructura vial (puentes, accesos, calles rurales) que afectaron el acceso físico a alimentos o cosechas (zafra).

Sin duda 2009 fue un año dificil para los centroamericanos, sin embargo las perspectivas para el presente 2010 no son más alentadoras. Se espera un fortalecimiento de El Niño que, según los expertos, podría extenderse hasta los meses de marzo o mayo (invierno hemisferio norte 2009-2010). Esto podrá traducirse en un aumento de las precipitaciones sobre el Océano Pacífico central tropical, mientras que otras zonas del planeta sufran más sequía.

El Foro del Clima de América Central, que coordina el Comité Regional de Recursos Hidráulicos (CRRH), emitió la Perspectiva del Clima para el período diciembre 2009-marzo 2010, en la cual se ratifican condiciones consistentes con la presencia de El Niño. En general, el pronóstico confirma el escenario planteado en comunicados previos en el sentido que se espera una temporada seca más severa y prolongada, lo cual es consecuente con una finalización temprana de las lluvias y la posibilidad razonable de que se presente una temperatura superior a la normal en algunas zonas de la región.

Por ahora (febrero 2010), Honduras ha declarado una "emergencia agrícola" ante la escasez de granos básicos producto de la sequía que se produjo en 2009 y que se avecina, aún más fuerte según las previsiones, en 2010.